Кукуруза по форме и строению зерна делится на девять подвидов, каждый из которых различается  по морфо-биологическим признакам растений.

Пленчатая — зерно заключено в пленку, образующуюся из колосовых чешуй. Этот подвид кукурузы в посевах не встречается, но входит в состав коллекций ботанических садов и научно-исследовательских учреждений.

Крахмалистая — эндосперм зерна почти полностью мучнистый, только очень тонкий роговидный слой залегает под оболочкой. Эндосперм рыхлый и легко увлажняется от водяных паров воздуха. Рыхлость эндосперма способствует легкому размалыванию зерна. Сорта крахмалистой кукурузы распространены в местах проживания индейских племен в Америке.

Лопающаяся — эндосперм зерна почти полностью роговидный, небольшая часть мучнистого эндосперма находится только возле зародыша. При поджаривании зерно лопается, эндосперм выбрасывается в виде легкой белой массы, превосходящей первоначальный объем зерна в 15-30 раз. Подвид делится на рисовую и перловую.

Кремнистая — по консистенции зерна занимает промежуточное положение между лопающейся и крахмалистой кукурузой. В средней части зерна эндосперм мучнистый, а по краям роговидный.

Зубовидная — эндосперм зерна по бокам роговидный, в верхней и средней частях мучнистый. При подсыхании зерна верхняя, мучнистая часть сокращается в объеме сильнее, чем роговидная, отчего верхушка зерна западает, образуя ямочку, которая придает зерну форму конского зуба.

Полузубовидная — зерно по форме и консистенции занимает промежуточное положение между зубовидной и кремнистой кукурузой.

Сахарная — мутант зубовидной и кремнистой кукурузы. Эндосперм сахарной кукурузы содержит незначительную часть крахмала, но зато в нем много водорастворимых полисахаров — декстрина. При высыхании и созревании зерно этого вида приобретает морщинистую форму по всей поверхности, что объясняется присутствием декстрина, который уменьшается в объеме при подсыхании.

Крахмалисто-сахарная — имеет удлиненное гвоздеобразное зерно. Нижняя его часть на две трети содержит мучнистый эндосперм, а верхняя — эндосперм сахарной кукурузы. Сорта этого подвида распространены только в странах Южной Америки.

Восковидная — зерно по внешнему виду сходно с зерном кремнистой кукурузы, но отличается от него матовостью поверхности и двухслойностью эндосперма. Периферическая часть эндосперма напоминает воск, отсюда и название кукурузы — восковидная.